Birincil baş ağrıları, hiçbir organik neden veya hastalığın olmadığı ağrılarıdır. Bunlar gerilim tipi baş ağrısı, migren, trigeminal otonomik sefaljiler (küme, paroksismal hemikranya vb.) ve diğer birincil baş ağrısı tablolarıdır. Baş ağrısının karakteri, lokaloizasyonu, eşlik eden bulgular, patofizyolojik süreçleri ve tedavileri açısından aralarında önemli farklar vardır. Sınıflamanın amaçlarından biri de bu özelliklerine göre baş ağrılarını gruplandırmaktır.
Birincil baş ağrılarının tanısı, tamamen hastadan alınan hikâyedeki ağrının özelliklerine göre konur. Tanı için herhangi bir tetkik (BT, MR, Röntgen, kan tahlili vb.) gerekmez. Konan tanıya göre tedavi planlanır ve bu tedavinin süresi tanıya göre değişir.
Birincil yüz ağrıları da baş ağrıları gibi altta herhangi bir hastalığın, patolojinin bulunmadığı yüz ağrılarıdır. Çok değişik şekillerde ve bölgelerde ortaya çıkar. Baş ağrısına göre daha nadir görülür ve tedavi süreçleri görece daha zordur.